上外附属杭州学校将在国家课程标准的高水平实施的基础上，引入上外附属系课程，基于十五年学制，课程设计将贯穿学生完整的学习生涯。上外附属杭州学校课程围绕“知识、能力、天赋”，设计了三级五维课程体系。一级为国家课程，二级为校本进阶课程，三级为针对每一位学生的天赋特长而定制的天赋课程。二三级课程在科技与创新、品格与实践、运动与健康、艺术与审美、语言与思维五大维度，设置超100门精湛的“进阶课程”和“天赋课程”。
上海外国语大学附属杭州学校高中融合部坚持“融合课程本土化，本土课程融合化”，为有志于升学海外院校的学生提供了充足的学术准备。并开设数学，英语，经济学，物理，化学，生物、计算机科学等课程，同时还设超30余门艺术与审美，语言与思维、运动与健康、品格与实践、科技与创新的天赋课程来满足学生申请海外高等院校的个性化专业的需求。
